En la época del gobierno de Francisco I. Madero, el capitán Manuel E. Izaguirre, estaba al mando del Departamento de Marina, él, junto a su personal, enfrentó diversas posiciones dentro y algunas sublevaciones.
El triunfo del constitucionalismo provocó que los marinos se mantuvieran al lado del Primer Jefe y posteriormente del presidente interino Venustiano Carranza. Juntos se dieron a la tarea de reorganizar el Departamento de Marina y a la Armada Nacional.
Con el contralmirante Hilario Rodríguez Malpica Segovia al mando, se lograron adquirir diversos buques, en recuperación a los que se habían perdido durante la guerra con Victoriano Huerta, también crearon dos cuerpos de Infantería de Marina.
Para 1919 ya se habían reanudado las clases en la Academia Naval Militar y en la constitución de 1917 se consiguió la nacionalización de la marina mercante y de guerra, lo que ayudó a que los marinos mexicanos pudieran ocupar los principales puestos a bordo de los barcos.
El 23 de abril de 1920 se desató la rebelión de Agua Prieta, la cual llevó a la presidencia de México al general Álvaro Obregón. Al levantamiento se unieron las principales autoridades navales del Pacífico asentadas en el puerto de Guaymas y el comandante del batallón de Infantería de Marina.
Al concluir las rebeliones desatadas, la imagen de la Armada Nacional se vio muy afectada, por lo que en las altas esferas del poder pedían que la Marina de Guerra desapareciera. Algunos marinos se promulgaron ante lo dicho, un ejemplo de ello se dio en 1930 con el Jefe del Departamento de Marina, Contralmirante Othón P. Blanco quien propuso al Secretario de Guerra y Marina, Plutarco Elías Calles un plan para reorganizar la naval.
Para 1931, el capitán de navío Francisco de P. Meléndez impulsó la campaña “Pro marina nacional de guerra”, con el objetivo de presentar ante la Cámara de Diputados la reorganización de la institución, que había sido castigada.
Tres años después con la llegada del general Lázaro Cárdenas a la presidencia se revalorizó a la Armada Mexicana. Las primeras acciones de Cárdenas fueron plantear el establecimiento estratégico de cuatro Zonas Navales, con el propósito de mejorar la vigilancia en los litorales.
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Con la expropiación del petróleo los intereses marítimos de México crecieron, lo que obligó a la nación a tener un poder naval para protegerlos ante cualquier situación. Con lo anterior, Cárdenas ordenó que debía impulsar el desarrollo de la Marina Mercante y Pesquera con toda la reorganización de la Marina de Guerra, con ello vio necesaria la creación de una dependencia autónoma, por lo que se publicó la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado en la que se creó el Departamento de la Marina Nacional.
